Ter vervanging van de door de oorlogshandelingen van 1940 verwoeste Waterstaatskerk werd in 1951 het huidige kerkgebouw in gebruik genomen. Een “romaanse” basiliek, een schepping van de architect C.M. van Moorsel, aanhanger van de zgn. Bossche School. Met hakstenen, waarvan de steigerplaatsen zichtbaar zijn, wist hij een bouwwerk te scheppen, passend in het herbouwde Middelburg.
De bisschop van Haarlem, mgr. J.P. Huibers verrichtte de plechtige consecratie op 5 juli 1951. Een Mariakapel, waarover elders meer informatie, een kruisweg met reproducties van de bekende schilder Jan Toorop, liturgische voorwerpen, vervaardigd door Bob Anink uit het gesmolten koper van de verwoeste kerk en de schildering boven het priesterkoor van de Middelburgse schilder Hans Heeren, zijn enkele bijzonderheden.
Weinig veranderingen vonden aan het interieur van het kerkgebouw plaats. Ter gelegen- heid van het veertigjarig priesterjubileum van pastoor Snel werd in augustus 1958 een muurschildering in het priesterkoor aangebracht van de hand van de Middelburgse kunstenaar Hans Heeren. Bij de liturgievernieuwing verrichtte de priester, als gevolg van het tweede Vaticaans Concilie (1962-1965), voortaan de liturgische handelingen aan de altaartafel met het gezicht naar de kerkgangers toegekeerd. Hierdoor moest het tabernakel -tot verdriet van een aantal parochianen- de centrale plaats afstaan en werd op een zij- altaar geplaatst. De godslamp behield echter dezelfde plaats. Een gedeelte van het priesterkoor werd verhoogd, voor het af en toe opstellen van de zangkoren.
De patroonheiligen bleven echter door alle veranderingen heen: H.H. Petrus en Paulus.